Jan Maršák je absolventem doktorského programu na Fakultě technologie ochrany prostředí Vysoké školy chemicko-technologické v Praze a oboru politologie/sociologie na Fakultě sociálních studií Masarykovy univerzity v Brně.

Od roku 2003 působí na Ministerstvu životního prostředí (MŽP) v různých pozicích. V současnosti je ředitelem odboru odpadů MŽP. V rámci odborné činnosti se zaměřuje na oblast evropských právních předpisů pro odpadové a oběhové hospodářství, strategií odpadového a oběhového hospodářství ČR, legislativy odpadového a oběhového hospodářství ČR. Je zodpovědný za přípravu nové legislativy pro odpady, obaly a jednorázové plasty. Publikuje odborné články zejména k tématům odpadového a oběhového hospodářství.